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发布时间:2021-11-10 14:03:05
1. 引物是如何合成的?
目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。(3)在PCR仪上进行热变性(95C2min),冰中骤冷,待_上机。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,***消耗量的不同和单个循环用时的多少。
亚磷酰胺三酯法合成DNA,具有、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。
步是将预先连接在固相载体CPG上的活性基团被保护的核苷酸与三氯反应,脱去其5′-羟基的保护基团DMT,获得游离的5′-羟基。
第二步,合成DNA的原料,亚磷酰胺保护核苷酸单体,与活化剂四氮唑混合,得到核苷亚磷酸活化中间体,它的3′端被活化,5′-羟基仍然被DMT保护,与溶液中游离的5′-羟基发生缩合反应。
第三步,带帽(capping)反应,缩合反应中可能有数5′-羟基没有参加反应(少于2%),用酐和1-咪唑终止其后继续发生反应,这种短片段可以在纯化时分离掉。
第四步,在氧化剂碘的作用下,亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。
经过以上四个步骤,一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯脱去它的5′-羟基上的保护基团DMT,重复以上步骤,直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色判定合成效率。
通过氨水高温处理,连接在CPG上的引物被切下来,通过OPC,和PAGE等手段纯化引物,成品引物用C18浓缩、脱盐,沉淀。沉淀后的引物用水悬浮,测定OD260定量,根据定单要求分装。
16.长链引物为什么出错的几率非常高?
答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到100%,产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。目前国内采用的进出口食品大肠菌群检测方法主要有***标准和原***商检局制订的行业标准。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增,不可能保证扩增产物中没有突变,引物合成也不可能保证100%正确。要知道,引物合成中发生错误(非人为因素)的频率,比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成,长链引物合成,您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。
17.如果测序发现突变,该如何处理?
答:遇到这种情况,首先和核酸合成厂家取得联系,生产人员会检查生产的原始记录,主要是核对合成序列是否和定单一致,他们在电脑中一般会保留所有原始数据。分子实验介绍——荧光检测细胞荧光染色是以荧光物质标记而进行抗原***的技术。在确认引物合成序列没有输错的情况下,建议重新挑取测序,可能会找到正确的。根据经验,40个碱基以下的引物,测1-2个就可以了;40个以上的特别是用于全片段拼接合成的,就需要多测一些了。一般情况下,每个突变的位点都不一样,提示正确的总是有的,就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次,不过重合的引物和次的引物一样,都可能含突变,不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。***拼接过程中,如果发现一段区域突变点不多,就多测几个,否则就重合一下引物。
25.PCR扩增不出就引物有问题吗?
答:基本不是。由于ChIP采用甲醛固定活l细胞或者***的方法,因此能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与***表达的关系。当今发展出各色各样的PCR扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出、扩增效率低的问题。如巢式PCR就是扩增那些拷贝数很低的***片段。 有些重复片段的扩增, GC含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。
引物扩增不出,主要是下列两种情况比较常见:
(1) RT-PCR。请注意,很多***通过常规RT -PCR方法是很难扩增出来的。 RT- PCR成功的关键在于RT的反应的RNA质量和目标***在特定***和细胞中含量。
(2)从***组中扩增。一般情况下,***在***组中都是单拷贝,***组作为模板需要严格控制用量。***组DNA过高,会影响反应体系中的Mg和pH
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