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LncRNA芯片

Long non-coding RNAs（lncRNAs）是一类转录本长度超过200 nt的功能性非编码RNA分子。目前的研究已证实，lncRNA参与X染色体沉默，***组印记以及染色质修饰，转录ji活，转录干扰，核内运输等多种重要调控过程。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其***表达情况是不相同的。随着对lncRNA在哺乳动物进化及人类***发生和发展中作用的日益关注，lncRNA调控机制已成为当前遗传学研究的热点问题。

筛选出差异表达的lncRNA是研究其在人类***发生中所扮演角色的基础。富衡生物为用户提供高通量的lncRNA芯片进行lncRNA表达谱分析，该芯片基于Agilent的SurePrint技术生产，实验。

技术优势

信息覆盖广泛：覆盖了多个quan威lncRNA数据库发布的数据；提供人，小鼠，大鼠的lncRNA检测。

lncRNA和mRNA同时检测：芯片上包含有的lncRNA和新的mRNA序列检测探针。一次芯片实验可同时对lncRNA和mRNA进行分析。

平台成熟可靠：采用Agilent原位喷墨合成技术，了高检测灵敏度和特异性。

数据分析：提供lncRNA和mRNA表达谱差异分析和功能分析，以及二者的关联分析。

1. 引物是如何合成的？

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产，而Bioneer自行研制的384并行高通量DNA合成仪，可实现99%的高合成率。PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100ul进行抽提反应混合液,以除去石蜡油。无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，***消耗量的不同和单个循环用时的多少。

亚磷酰胺三酯法合成DNA，具有、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的，合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的，相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。

步是将预先连接在固相载体CPG上的活性基团被保护的核苷酸与三氯反应，脱去其5′-羟基的保护基团DMT，获得游离的5′-羟基。

第二步，合成DNA的原料，亚磷酰胺保护核苷酸单体，与活化剂四氮唑混合，得到核苷亚磷酸活化中间体，它的3′端被活化，5′-羟基仍然被DMT保护，与溶液中游离的5′-羟基发生缩合反应。

第三步，带帽(capping)反应，缩合反应中可能有数5′-羟基没有参加反应(少于2%)，用酐和1-咪唑终止其后继续发生反应，这种短片段可以在纯化时分离掉。

第四步，在氧化剂碘的作用下，亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。

经过以上四个步骤，一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯脱去它的5′-羟基上的保护基团DMT，重复以上步骤，直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色判定合成效率。

通过氨水高温处理，连接在CPG上的引物被切下来，通过OPC,和PAGE等手段纯化引物，成品引物用C18浓缩、脱盐，沉淀。沉淀后的引物用水悬浮，测定OD260定量，根据定单要求分装。

◆　HPLC

如果合成的寡核苷酸应用于，定向诱变或定量的***探测，那么对其纯度要求较高。脱盐或OPC纯化的寡核苷酸可能达不到要求，则HPLC纯化被广泛地用于这个目的。作为一种纯化树脂，阴离子交换树脂或反向树脂被用于寡核苷酸纯化。加入酶反应的底物，底物被酶催化成为有色产物，产物的量与标本中受检物质的量直接相关，故可根据呈色的深浅进行定性或定量分析。阴离子交换树脂的HPLC通常显示95-98%纯化效率，对于达到35-mer寡核苷酸的纯化是充分的。反向树脂化的HPLC与阴离子交换树脂的HPLC呈现相似的纯化效率。因为HPLC的纯化效率很大程度依靠寡核苷酸的长度，用HPLC法不能有效纯化长的寡核苷酸（大于35-mer)。

◆　PAGE

对于长的寡核苷酸的纯化（50-100mer），我们推荐PAGE纯化法，它使用交连的聚酰胺凝胶(电泳)作为纯化基质。LncRNA芯片Longnon-codingRNAs（lncRNAs）是一类转录本长度超过200nt的功能性非编码RNA分子。尽管PAGE显示出高的纯化效率（＞98%），但它在额外的步骤方面有一些缺陷，比如在PAGE之后需要提取和脱盐，继而将导致纯化产率的下降。