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发布时间:2022-07-10 20:17:55
microRNA芯片:
RNA干扰(RNA Interference, RNAi)现象是一种进化上保守的抵御或外来病毒qin犯的防御机制。将含有靶***mRNA同源互补序列的RNA(Double strand RNA, dsRNA)导入细胞后,能够特异地识别该mRNA,引起mRNA的降解,从而导致相应的功能缺失。-个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行***分型,获取大部分的遗传多态模式。RNAi提供了一种经济、快捷、gao效的***特异***表达的技术手段,该技术已被广泛用于研究***功能和chuan染性***及恶xingzhong瘤***zhi疗领域。目前常用的RNA干扰手段为miRNA、 shRNA和siRNA等。
MiRNA是一类可以通过RNAi机制调节***表达的内源性小RNA,人工miRNA与shRNA的设计原理基本相同,由于miRNA具有内源性,因此其更易产生有效的***沉默。
技术流程:
dsRNA或pre-miRNA被导入细胞后,能够被一种特异的核酸内切酶(Dicer)识别并切割成为小片段,这些片段在RNA解旋酶的作用下解链。继之反义链在与体内一些酶(包括内切酶、外切酶、解旋酶等)结合形成RNA诱导的沉默复合物(RNA-Induced Silencing Complex,RISC),RISC与mRNA同源区进行特异性结合,若miRNA与mRNA的结合位点配对,则切割mRNA;若miRNA与mRNA的结合位点不配对,则***mRNA的翻译。随着对lncRNA在哺乳动物进化及人类***发生和发展中作用的日益关注,lncRNA调控机制已成为当前遗传学研究的热点问题。
miRNA测序
microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶***mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或***mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(新发现miRNA也能在转录水平调控***表达)。借助***的技术优势,英瀚斯生物特配备了高l效的仪器设备,如SLAN48P荧光定量PCR检测系统、PCR仪、电泳仪、冷冻离心机、高速离心机等。miRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和***等中发现的miRNA表达均有严格的***特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。
目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。,温度升高会使蛋白质变性失活,因此,基于这一点考虑提取蛋白质和酶时一般采用低温(5度以下)操作。基于第二代测序技术的miRNA测序,可以一次获得数百万条miRNA序列,能够快速鉴定出不同***、不同发育阶段、不同***状态下已知和未知的miRNA及其表达差异,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。
3、参数设置
使用488nm激发波长,525nm发射波长,实时或逐时间点检测刺激前后荧光的强弱。DCF的荧光光谱和FITC非常相似,可以用FITC的参数设置检测DCF。DCF的激发光谱和发射光谱参考下图。
4、其它说明
阳性对照可以按照1:1000的比例使用。例如装载好探针的细胞共1毫升,可以加入1微升的阳性对照刺激。通常刺激后20-30分钟内可以观察到非常显著的活性氧水平升高。针对预测的靶蛋白结合RNA的序列设计引物,做qPCR实验,验证预测的RNA是否与靶蛋白有结合,或者将分离出来的RNA做高通量测序,筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。对于不同的细胞,活性氧阳性对照的效果可能有较大的差别。如果在刺激后30分钟内观察不到活性氧的升高,可以适当提高活性氧阳性对照的浓度。如果活性氧升高得过快,可以适当降低活性氧阳性对照的浓度。
另外,对于某些细胞,如果发现没有刺激的阴性对照细胞荧光也比较强,可以按照1:2000-1:5000稀释DCFH-DA,使装载探针时DCFH-DA的浓度为2-5微摩尔/升。探针装载的时间也可以根据情况在15-60分钟内适当进行调整。
7.如何检测引物的纯度?
答:实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。microRNA芯片:RNA干扰(RNAInterference,RNAi)现象是一种进化上保守的抵御转***或外来病毒qin犯的防御机制。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用EB 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制,从而保障了合成的准确率:
Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。转录组研究是***功能及***结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够快速的获得某一物种特定***或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于临床诊断、基础研究和研发等领域。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商,而且免费提供质谱数据。
8.如何计算引物的浓度?
答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:V (微升)= OD数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。(2)图像分析:扫描完毕后,凝胶继续置于1%yi酸中于4℃保存。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。
注意:1 OD260= 33 ug/ml.
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