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逆转录病毒构建及包装  

      逆转录病毒（Retrovirus）是一类RNA病毒。技术优势信息覆盖广泛：覆盖了多个quan威lncRNA数据库发布的数据。在逆转录酶的作用下，以病毒RNA为模板合成cDNA再通过DNA、转录、翻译等过程形成病毒颗粒。逆转录病毒表达系统是一种新的重组蛋白表达系统，由逆转录病毒载体、辅助载体（表达病毒包装需要的蛋白质）和包装细胞系组成。逆转录病毒载体在外源***表达、***沉默、、生物制药等得到广泛的应用。逆转录病毒载体主要优点：转染范围广，可以各种细胞类型，转入的外源***可完全融合，对细胞率高，细胞不产生病变，可建立细胞系长期持续表达外源***。

     逆转录病毒载体系统共有两部分组成：包装细胞系和缺陷病毒本身。所有样品4C离心，转速:13500转1分钟，时间:15min。在逆转录病毒载体中，去除了正常的蛋白编码序列而保留了和包装信号，通过分子技术将目的***插入此载体上，而包装细胞系能提供病毒载体包装成病毒粒子所需的结构蛋白。当重组病毒载体导入包装细胞后，缺陷病毒载体和包装细胞的互补作用共同完成病毒装配，该病毒颗粒可其它宿主细胞，此时目的***进入该细胞并整合到细胞***组中，导致插入序列在宿主细胞中表达，产生目的蛋白。宿主细胞不能像包装细胞那样为缺失结构***的逆转录病毒提供结构蛋白，因而在宿主细胞内不会产生新的毒颗粒，保证了该载体在生物制品领域的生物安全性问题。

5.长可以合成多长的引物？

答：引物越长，出现问题的概率就越大。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RN片duan和gua核苷酸片段（特异），和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。有的公司合成过120base的引物，产率很低。除非需要，建议合成片段长度不要超过80mer，按照目前的引物合成效率，80mer的粗产品，全长（还不一定正确）引物的百分比不会超过40%，后续处理还有丢失很多，的产量很低。

6.需要合成多少OD数？

答：根据实验目的确定。若miRNA与mRNA的结合位点不配对，则***mRNA的翻译。一般PCR扩增，2 OD引物，可以做200-500次50ul标准PCR反应。如果是做***拼接或退火后做连接，1 OD就足够了。但是有些研究人员，就做几次PCR，但是却要5-10 OD。做全***构建的引物都比较长，但是我们有些研究人员也要求高OD数。片段越长, 全长得率就越低，出错的几率就越大。超出需要之外的OD数要求，其实也是对社会资源的一种浪费，同时也从一个侧面反映了部分研究人员特别是新手的自信心不足，总觉得需要重复多次才能成功。

16.长链引物为什么出错的几率非常高？

答：引物合成时，每一步反应效率都不能达到100%，产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析，从而快速准确地获得与特定生物学过程（例如发育、***等）相关lncRNA信息。引物链越长，突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失，这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增，不可能保证扩增产物中没有突变，引物合成也不可能保证100%正确。要知道，引物合成中发生错误（非人为因素）的频率，比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成，长链引物合成，您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。

17.如果测序发现突变，该如何处理？

答：遇到这种情况，首先和核酸合成厂家取得联系，生产人员会检查生产的原始记录，主要是核对合成序列是否和定单一致，他们在电脑中一般会保留所有原始数据。高l效液相色谱(High-performanceLiquidChromatography,HPLC)HPLC是--种比较传统的方法,是根据DNA或蛋白分子量和构象的不同而使其加以分离。在确认引物合成序列没有输错的情况下，建议重新挑取测序，可能会找到正确的。根据经验，40个碱基以下的引物，测1-2个就可以了；40个以上的特别是用于全片段拼接合成的，就需要多测一些了。一般情况下，每个突变的位点都不一样，提示正确的总是有的，就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次，不过重合的引物和次的引物一样，都可能含突变，不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。***拼接过程中，如果发现一段区域突变点不多，就多测几个，否则就重合一下引物。